当前的食用菌生产中由于大量使用化学生长促进剂和化学农药，不仅影响了食用菌生长，而且导致我国商品食用菌中的有毒物质残留量严重超标，极大地影响了在国际市场上的竞争力和国内消费市场的扩张。因此，如何搞好无污染、无残留的无公害食用菌的生产，是当前食用菌科研和生产中迫切需要解决的问题。
     一、防止食用菌退化
     防止菌种退化，可以提高产量，减轻病虫害的发生发展，减少农药施用量，是生产无公害食用菌的基础。
     1、培养菌种的环境温度不能超过28℃。另外，培养好的菌种在常温下存放时间不宜超过半个月。
     2、切实掌握好培养基出菌时间和温度，防止破坏营养成分，酸碱度要适宜。
     3、要经常更换培养基，如蛋白胨、麦麸、马铃薯等培养基原料要相互交替使用。
     4、原种不要一次用完，应分次取用，余下的低温保存，防止传代过多。
     5、每年应选择个体大，生长正常，健壮无病虫的子实体进行一次组织分离，从中选优去劣，扩大接种生长。
     二、综合防治病虫害
     通过加强对食用菌栽培的综合管理，创造适应食用菌生长而不利于病虫杂菌繁殖的环境是生产无公害食用菌的关键。
     1、搞好环境卫生 制种和操作人员必须建立起正常的清洁卫生制度，不断清除污物并加以药剂消毒。菇房、用具及室内一切设备，要经常清洗和消毒；进出菇房注意鞋底及衣着整洁，最好能及时更换。
     2、消毒方式的选择 优先采用高压蒸气灭菌法、常压间歇灭菌法和巴氏灭菌法及紫外线灯灭菌法等物理手段消毒。化学消毒优先使用碱类、酚类药物。避免使用重金属盐类等消毒剂。
     3、处理好原料 食用菌培养料一定要避免受潮霉变成滋生害虫；木屑、草料、马粪等的堆藏，下面要垫塑料薄膜或由毛毡防潮，上面要遮盖好以防雨淋或杂物落入；米糠、麸皮、饼料等易生霉菌，应密闭贮藏；培养料要经高温消毒或发酵腐熟，培养料运进菇房后，要进行后发酵；覆土材料必须经蒸气或福尔马林消毒。
     4、调整用水量和酸碱度 培养基的水分要适当。酸碱度要适宜，并随时检测、调整。菇房要经常保持良好通风，空气相对湿度不宜超过95％。
     5、妥善保护培养基 出锅的料瓶或灭过菌的培养基应加以保护，防止二次污染；要加盖纱布或薄膜，入箱熏蒸还要用新洁尔灭等药水擦洗，防止尘埃污染。
     6、严格执行接种操作规程 接种工作技术性很强，一定要耐心细致，切忌碰擦粘带；对一切用具及容器，能洗的要洗干净，能熏蒸的要熏蒸。能擦酒精的要擦酒精，能用酒精灯火焰烧的要用火焰烧；对大量的栽培种可以二人协作接种，把好火焰封锁关，一人持料瓶，一人专接种，不离灯火口，配合准确。
     7、采用人工物理方法防治病虫害 如用黑光灯诱杀菇蝇、菇蚊等；培养料充分发酵(60℃，2--4小时)杀死线虫和瘿蚊；剔去腐变部位，用石灰水消毒。改善环境，调整温度(如降低温度防治胡桃内状菌)、湿度(如降低湿度防治链孢霉菌)，pH值(如降低pH值防治白霉菌等)。
     8、严禁使用有剧毒农药 不使用有机汞制剂或有机磷制剂及残存时间长，又不易分解及有刺激性臭味的农药。优先使用植物杀虫剂，如除虫菊、鱼藤、烟草浸出液及微生物杀虫剂，如苏云杆菌和白僵菌等。
     三、喷施无污染菇肥
     1、喷施蛋白胨、酵母膏溶液 用0．1％的蛋白胨和0．3％的酵母膏溶液喷施菇面，可使菇体肥厚，促进转潮，在室温14--16℃时效果最好。
     2、喷施腐熟人粪尿 将人粪尿煮开20分钟，对水10--20倍喷施，或新鲜马尿及牛尿液，煮开至无泡沫时，对水7--10倍喷施。如菇床口有小菇，喷完后再用清水喷1次。
     3、喷施米醋 在平菇生长中后期，用300倍的食用米醋液进行菇面喷施，在采收前1--3天每天1次，一般可增产6％，且色泽更加洁白。
     4、喷施培养料浸出液 发酵腐熟干料5公斤，加开水50公斤浸泡，冷却后去渣喷施，可延长出菇高峰期，并使子实体肥厚。
     5、喷施菇脚水 切取2．5公斤洗净的菇脚加水15公斤，煮15分钟，取清液再加水20公斤喷施，可延长高峰期，使子实体肥厚。
     6、喷施豆浆水 黄豆1公斤，磨成豆浆对水75--100公斤，滤液喷施菇面，再用清水喷1次。
     7、喷施葡萄糖、碳酸钙溶液 配成含葡萄糖1％，碳酸钙0．5％的溶液，在低于18℃时喷施，有促进菌丝生长的作用。